梅校長與新竹清華
梅校長於1948年12月21日；乘國民政府專機自北京飛抵南京。梅校長出走應是經過深思熟慮的，在他離開北京約一個月前，即11月28日，梅夫人與長女與兩個外孫先搭乘軍界親友的飛機離開北平。1980年10月，北京清華召開「回憶梅貽琦先生座談會｣中，在1948年任教務長的吳澤霖先生回憶，梅校長說：「我一定走，我的走是為了保護清華基金。｣
在短暫赴巴黎代表政府出席聯合國教科文組織第四次大會後，1949年12月轉往紐約與「中華教育文化基金董事會｣會商清華基金保管及運用事宜。梅校長寓美六年，應聘擔任管理清華基金之「中華教育文化基金董事會｣(中基會) 「榮譽秘書｣，對清華基金保管與基金利息運用事宜，頗多切實而積極的貢獻。1950年3月，「中基會｣董事會完全支持梅校長致教育部長杭立武函，備陳保存、管理、使用清華基金觀點，贊成各項活動，但以「清華大學在美事務文化事業顧問委員會｣名義出面行事；在「華美協進社｣租一室，作為「清華大學在美事務｣辦公室，雇半時助理一人，處理清華大學在美事務。1954-57年教育部「在美教育文化事業顧問委員會｣借該社辦公，梅校長任主委，委員有于斌、陳立夫、胡適、郭秉文等，程其保任委員兼執行祕書，駐美新聞人員宋晞、唐振楚為祕書。1954年3月，回台參加國民大會，留台期間，曾環島考察，並決定恢復「清華學報｣，發表學術論著，評介國際重要新書。並與教育部商定，籌辦新興科學研究機構。1955年，恢復「清華學報｣，組織編輯委員會，聘何廉為主席，1956年六月新一卷第一期出版。
1955年，「中美合作研究原子能和平用途協定」正式簽字，政府決定設立原子科學研究機構，發展原子科學之研究，乃電召梅貽琦校長返國籌議。1955年11月，抵台籌辦「原子科學研究所｣。並於同年12月，由行政院組設「清華大學研究院籌備委員會｣，以教育部長張其昀與清華大學校長梅貽琦為共同主席，國防、外交、財政、經濟四部代表，暨蔣夢麟、浦薛鳳、錢昌祚，陳雪屏、錢思亮、金開英、洪紳諸先生為委員，教育部高教司司長孫宕越及趙賡颺為秘書。1956年1月，第二次籌備會中決定：
一、校址設於新竹市東郊赤土崎。
二、先設原子科學研究所，將來設三研究所，招收研究生。
三、開辦費、建築費與經常費由政府核發，圖書設備費由清華基金利息支付。
1956年1月，即在台北成立籌備處，以陳可忠為主任；清華在台復校工作由此開始。名為復校，實為建校：擇地、建屋、購置圖書儀器、裝配實驗室，一切都得從頭做起。復校後，梅貽琦繼任校長，1958年7月，副總統陳誠獲任命兼行政院長組閣，力邀梅校長出任教育部長，梅校長數度堅辭，均不被接受，最後不得不以不離清華，不辭校長為條件勉為答應，直到1962年5月病逝為止，自1931年任北京清華校長，為清華之最高負責人，前後共32年之久。
清華復校的校址設於新竹市，土地由中國石油公司（今台灣中油公司）撥讓42甲，連同新竹縣政府贈送土地約34甲，又陸續收購民地，總校址面積達86甲餘。接收之後，即著手興建校舍，其建築完成先後依次為辦公大樓及東院教授宿舍(1957年)、天然氣櫃、物理館(1958年)、新南院教授宿舍、單身教授宿舍、反應器館、核工館(1960年)、科儀館(1962年)，建設速度，被台灣學界稱之為「魔術師般神速｣。
建設校舍之同時，亦著手準備招生授課。1956年9月，即招考原子科學研究所首屆研究生，錄取21人，先假國立台灣大學上課。課程為二年制，畢業授理學碩士學位。次年，首批校舍（辦公室、教授住宅及職員、學生宿舍）完工，秋季即開始在新竹上課。
在籌備儀器設備方面，梅校長於1956年3月赴美洽聘教授的同時，亦洽訂原子反應器及訂購儀器，並洽撥基金年息，結束清華在美未了事務。「在美教育文化事業顧問委員會｣主委交程其保代理，洽妥美國贈送原子爐價款、有關原子研究機構合作事宜；同年，向美國訂購范氏加速器，於1958年7月開始安裝，次年春安裝完成。當時原子科學研究所最重要的設備為清華水池式反應器，於1961年4月13日達到臨界。這座反應器係於1958年3月和美國奇異公司簽約，1958年冬開始興建，1961年12月2日 (世界第一座原子爐臨界日) 在台北舉行正式啟用典禮，梅校長因病篤，僅能在病床上接收音訊。
值得一提是此項水池式反應器（俗稱原子爐），共耗資美金105萬元。土木工程由華泰建築師、清華校友張昌華設計，裝置工程乃由清華自行設計施工，機件裝置時，由中國石油公司、台灣電力公司、台灣鋁業公司分別派員操作，並得經濟部聯合工業研究所之協助，為國內工業界與學術界首次密切合作之成果，為華人土地上第一座原子爐，胡適先生曾說是「變魔術一樣的｣速度完成。
梅校長勉為接任教育部長後，繁鉅的工作，使他的健康大受損害，1960年任期屆滿時堅辭，仍未為陳誠接受，但於1960年春夏之交，病情突變，自5月初起，竟「扶杖勉強行動｣，月底住院時，經診斷為前列腺癌轉移，親友急電梅夫人於6月19日自美國來台照顧，1960年冬至翌年夏季病況穩定，並於1961年2月辭任教育部長，原擬於校慶日返校，親睹於4月12日達成臨界之原子爐，不意病情惡化，無法如願。在1961年12 月後，已無法離床起坐，1962年5月19日溘然長逝於台大醫院，為紀念梅校長，清華大學在代理校長陳可忠主持下，特命名反應器實驗館為「梅貽琦紀念館」。
